Την εποχή της Οθωμανικής αυτοκρατορίας ο ελληνικός πληθυσμός της Κριμαίας κατάφερε να διατηρήσει την αυτοδιοίκησή του. Ο πατριάρχης της Κωνσταντινούπολης, που ηγείτο όλων των ελληνικών κοινοτήτων, μεταβίβαζε την εξουσία του σε αρχιερείς, οι οποίοι είχαν την πνευματική και τη διοικητική εξουσία στην εκάστοτε επαρχία. Τα δικαιώματα όμως και οι υποχρεώσεις τους υποτάσσονταν στους κανονισμούς των σουλτάνων – τα μπεράτα και φιρμάνια, τα οποία ελάμβαναν και οι μητροπολίτες της Κριμαίας.

Οι ελληνικές κοινότητες στις πόλεις και χωριά εκλέγανε τους αντιπροσώπους τους – τους δημογέροντες ή τους προεστούς, το συμβούλιο των οποίων λειτουργούσε ως τοπική διοίκηση: εισέπραττε φόρους, έκλεινε συμφωνίες με τους δασκάλους και εμπόρους, ασχολούνταν με αγαθοεργίες.

Μέχρι τις αρχές του 18 αι. από τις πέντε επαρχίες που υπήρχαν στην Κριμαία ως αποτέλεσμα διάφορων καταργήσεων και μετασχηματισμών έμεινε μόνο μία, που ονομάστηκε επαρχία Γοτθίας και Καφφά. Με την πάροδο του χρόνου οι επικεφαλείς της ήταν ο Μεθόδιος (1673-1680), ο Νεόφυτος (1680-1707), ο Μακάριος (1707-1710), ο Παρθένιος (1710-1721), ο Γεδεών (1725-1750, 1760-1769), ο Δορόθεος (1750-1759) και ο Ιγνάτιος (1771-1786).