Εξ αρχής η εξομολόγηση στην εκκλησιαστική συνείδηση και διδασκαλία ήταν το μυστήριο της συμφιλίωσης με την Εκκλησία για όσους είχαν αφοριστεί απ’ αυτήν, δηλαδή εκείνους που είχαν αποκλειστεί από την ευχαριστιακή σύναξη. Γνωρίζουμε ότι, αρχικά, η ιδιαίτερα αυστηρή εκκλησιαστική πειθαρχία επέτρεπε μία τέτοια συμφιλίωση άπαξ στη διάρκεια του βίου του μετανοούντα, αλλά αργότερα, ειδικά μετά την είσοδο στην Εκκλησία ολόκληρου του πληθυσμού, ο συγκεκριμένος κανόνας έγινε πιο χαλαρός. Στην ουσία του, το Μυστήριο της Μετανοίας ως μυστήριο συμφιλίωσης με την Εκκλησία αφορούσε εκείνους μόνο που η Εκκλησία είχε αφορίσει για αμαρτίες και πράξεις επ’ ακριβώς οριζόμενες στην Κανονική παράδοσή της. Κάτι, άλλωστε, που γίνεται φανερό κι από την συγχωρητική ευχή: “Αδελφέ, δι’ ό ήλθες προς τον Θεό, και προς εμέ, μη αισχυνθής, ου γαρ εμοί αναγγέλεις, αλλά τω Θεώ, εν ώ ίστασαι”.