Από τα μέσα του 15 αι. γίνεται αισθητή η τουρκική απειλή, η οποία μεγαλώνει με την Άλωση της Κωνσταντινούπολης και την υποστήριξη της τουρκικής πολιτικής από τους Τατάρους της Κριμαίας. Τα κρατίδια της Κριμαίας συνάπτουν συμμαχίες για να αντιμετωπίσουν τον κοινό τους εχθρό, αλλά τίποτε πια δεν μπορούσε να ανατρέψει την τουρκική εισβολή. Μετά από τρεις μέρες πολιορκίας στις 3 Ιουλίου 1471 συνθηκολογεί ο Καφφάς, ενώ το Δεκέμβρη της ίδιας χρονιάς μετά από πέντε εφόδους κατέθεσαν τα όπλα τους οι υπερασπιστές του Μάνγουπ-Ντόρος.

Μετά από την κατάκτηση της ορεινής Κριμαίας οι Τούρκοι ιδρύσανε στα εδάφη της το καντιλίκ με κέντρο στο Μάνγουπ, το οποίο περιέλαβε και ένα μέρος των εδαφών, που ανήκαν κάποτε στους Γενοβέζους. Υπό την διακαιοδοσία της Τουρκίας βρέθηκε επίσης και ο χριστιανικός πληθυσμός που διέμενε στο καντιλίκ του Σουντάκ. Οι δυο αυτές διοικητικές περιοχές γίνανε μέρος της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Οι Έλληνες των άλλων περιοχών της Κριμαίας έγιναν υπήκοοι του Χανάτου της Κριμαίας.

Στην ταταροκρατούμενη Κριμαία στους χριστιανούς απαγορευόταν να κάνουν την στρατιωτική θητεία, να καβαλάνε άλογα, να αλλάζουν την πίστη τους, εκτός αν επρόκειτο να στραφούν στον μωαμεθανισμό, να εκφράζονται με ασέβεια για τον Μωάμεθ και άλλους προφήτες, καθώς και να καταλαμβάνουν τέτοιες θέσεις στις δημόσιες υπηρεσίες, όπου οι μουσουλμάνοι θα υπόκεινταν στους αλλόθρησκους. Έπρεπε επίσης να φοράνε ειδικά σήματα στις ενδυμασίες τους, τα οποία θα τους διαφόριζαν ως μη μουσουλμάνους. Στο δεύτερο μισό του 17 αι. ο πληθυσμός στο Χανάτο της Κριμαίας μπορούσε να διαιρεθεί σε τρεις ομάδες: τους μουσουλμάνους που είχαν πλήρη δικαιώματα, τους ορθοδόξους υπήκοους – υπηρέτες των μουσουλμάνων, που ονομάζονταν εσίρ, και τους ράϊα – τους φορολογούμενους υπηκόους, που ανήκαν σε θρησκευτικές μη μουσουλμανικές κοινότητες (Αρμένιοι, Έλληνες, Καραϊμοί, Εβραίοι).

Την εποχή της Οθωμανικής αυτοκρατορίας ο ελληνικός πληθυσμός της Κριμαίας κατάφερε να διατηρήσει την αυτοδιοίκησή του. Ο πατριάρχης της Κωνσταντινούπολης, που ηγείτο όλων των ελληνικών κοινοτήτων, μεταβίβαζε την εξουσία του σε αρχιερείς, οι οποίοι είχαν την πνευματική και τη διοικητική εξουσία στην εκάστοτε επαρχία. Τα δικαιώματα όμως και οι υποχρεώσεις τους υποτάσσονταν στους κανονισμούς των σουλτάνων – τα μπεράτα και φιρμάνια, τα οποία ελάμβαναν και οι μητροπολίτες της Κριμαίας.

Οι ελληνικές κοινότητες στις πόλεις και χωριά εκλέγανε τους αντιπροσώπους τους – τους δημογέροντες ή τους προεστούς, το συμβούλιο των οποίων λειτουργούσε ως τοπική διοίκηση: εισέπραττε φόρους, έκλεινε συμφωνίες με τους δασκάλους και εμπόρους, ασχολούνταν με αγαθοεργίες.

Μέχρι τις αρχές του 18 αι. από τις πέντε επαρχίες που υπήρχαν στην Κριμαία ως αποτέλεσμα διάφορων καταργήσεων και μετασχηματισμών έμεινε μόνο μία, που ονομάστηκε επαρχία Γοτθίας και Καφφά. Με την πάροδο του χρόνου οι επικεφαλείς της ήταν ο Μεθόδιος (1673-1680), ο Νεόφυτος (1680-1707), ο Μακάριος (1707-1710), ο Παρθένιος (1710-1721), ο Γεδεών (1725-1750, 1760-1769), ο Δορόθεος (1750-1759) και ο Ιγνάτιος (1771-1786).

Υπό τις συνθήκες της τουρκο-τατάρικης κυριαρχίας και δεδομένης της παρακμής της χριστιανικής θρησκευτικής και πολιτιστικής ζωής διευρύνθηκε το φαινόμενο του εκταταρισμού και εκτουρκισμού του ελληνικού έθνους. Τα τατάρικα και τα τούρκικα είχαν γίνει επίσημες γλώσσες στην Κριμαία, περιορίζοντας τη χρήση της ελληνικής μόνο στα όρια των χριστιανικών κοινοτήτων. Αυτό προκάλεσε και την εμφάνιση δυο νέων εθνικών ομάδων: των Ουρούμων ή Έλληνο-Τάταρων, που μιλούν σε τουρανικές διαλέκτους, και τους Ρουμαίους ή Έλληνες, που μιλούν σε ελληνικές διαλέκτους.