Το κάθε Πανεπιστήμιο επιλέγει το σχήμα διοίκησης που θεωρεί κατάλληλο στο πλαίσιο των διεθνώς δοκιμασμένων σχημάτων πανεπιστημιακής διοίκησης. Η επιλογή αυτή είναι επίσης αντικείμενο αξιολόγησης.
3. Οι ερευνητικές και αναπτυξιακές δράσεις κάθε Πανεπιστημίου ή ομάδας συνεργαζομένων Πανεπιστημίων υπάγονται στη διαχείριση Ανώνυμης Εταιρείας ειδικού σκοπού, στην οποία μπορούν να συμμετέχουν, ως ένα ποσοστό, και ιδιωτικά κεφάλαια χωρίς να αλλοιώνεται ο ακαδημαϊκός χαρακτήρας του Πανεπιστημίου.
Η Πολιτεία αξιολογεί τη δραστηριότητα αυτή, μέσω του μηχανισμού των matching funds, συνεισφέροντας δηλαδή συμπληρωματικούς δημόσιους πόρους για έργα επιστημονικής αριστείας και καινοτομίας.
4. Οι Ανώνυμες Εταιρείες Έρευνας, Ανάπτυξης και Καινοτομίας έχουν την πλήρη ελευθερία διαχείρισης των συνεργασιών των Πανεπιστημίων με δημόσιους και ιδιωτικούς χρηματοδότες δράσεων έρευνας, ανάπτυξης και καινοτομίας.
Μπορούν ελεύθερα να εγκαθιστούν στους χώρους τους δραστηριότητες έρευνας και καινοτομίας (πχ θερμοκοιτίδες επιχειρήσεων) και να οργανώνουν επιχειρηματικές δραστηριότητες (spin off) για να εκμεταλλευθούν την παραγωγή γνώσης και καινοτομίας.
