Οι θεολογικές πραγματείες του δεν έχασαν ποτέ μια σπουδαιότητα, όμως —πέρα από εξαιρέσεις, όπως σε μερικά πανεπιστήμια της κεντρικής Ευρώπης— τη θέση τους ως μεθοδολογικών προϋποθέσεων παραχώρησαν στις Προτάσεις (Sententiae) του Πέτρου Λομβαρδού.

Ο σχολιασμός του στο Περί Ερμηνείας επηρέασε τη μεσαιωνική θεωρία της λογικής περισσότερο από το ίδιο το έργο του Αριστοτέλη. Στα κείμενα του Βοήθιου έχουν την αρχή τους συζητήσεις όπως εκείνη μεταξύ νομιναλιστών και ρεαλιστών, οι οποίες στη συνέχεια αναπτύσσονται ανεξάρτητα, αλλά και συζητήσεις στις οποίες ο Βοήθιος ασκεί συνεχώς επιρροή έως τον ύστερο μεσαίωνα, όπως στην προτασιακή λογική.