Στον βυζαντινό πνευματικό κόσμο η επίδραση του Βοηθίου δεν είναι αμελητέα, κατά τον 13ο και 14ο αιώνα, όταν μεταφράστηκαν το Περὶ τόπων διαλεκτικῶν (Μάξιμος Ολόβωλος με σχόλια περ.1267, Πρόχορος Κυδώνης 1360-67), η Παραμυθία τῆς Φιλοσοφίας (Μάξιμος Πλανούδης, περ.1295) και το Περὶ Ἁγίας Τριάδος (Μανουήλ Καλέκας, τέλ.14ου αι.).
Ο Βοήθιος αποκλήθηκε πρώτος σχολαστικός, για την αριστοτελική πλευρά της σκέψης του και την αυστηρή επιχειρηματολογία που χαρακτηρίζει τις θεολογικές πραγματείες. Η επίδρασή του στη μεσαιωνική φιλοσοφία είναι θεμελιώδης, ισχυρή και συνεχής. Ερμηνεύει το πρόσωπο αριστοτελικά, ως ατομική ουσία, η οποία όμως έχει απολύτως μοναδική αξία κατά τη θεία προέλευσή της, ώστε δεν είναι δυνατό να νοηθεί ως ρόλος η μάσκα. Αυθεντική ύπαρξη του ανθρώπου είναι η συνύπαρξή του με τον Θεό, όπου δεν βρίσκεται μόνο το επιθυμητό τέλος, αλλά ήδη πρωταρχική αυθεντική κατάσταση, χάρη στην οποία η ψυχή γνωρίζει τα πάντα. Με την ενσάρκωσή της η ψυχή βυθίζεται στη λήθη, απ’ όπου φαίνεται η αξία της αληθινής παιδείας, την οποία ο Βοήθιος καταλάβαινε σε συμφωνία με τον Πλάτωνα κατά κύριο λόγο ως επιστροφή στη συνείδηση της θείας φύσης και αρχής.
