Ιδιαίτερα στην Δύση η χριστιανοσύνη δεν είχε ακόμη εδραιώσει συνολική κοσμοθεωρία, όπως είχε συμβεί στην Ανατολή με τον Ωριγένη και τον Γρηγόριο Νύσσης. Τη συνολικότητα, όπως φαίνεται, χρειαζόταν ο Βοήθιος, και έτσι ενώ ως τότε η δημιουργικότητά του στρεφόταν στον Αριστοτέλη, για την έσχατη έμπνευσή της δεν αμελεί τον Πλάτωνα. Ο Βοήθιος κλείνει τον βίο του σαν ένας χριστιανός που αγάπησε τον κόσμο ως κόσμο των μορφών της ελληνικής αρχαιότητας, και αφήνοντας αντί διαθήκης την επίγνωση ότι ευτυχία των ανθρώπων είναι η μεταμόρφωσή τους στην ένωση με τον Θεό («divinitatem adeptos deos fiery»: Consolatio III.10a, 87-88).
Οι θεολογικές πραγματείες του δεν έχασαν ποτέ μια σπουδαιότητα, όμως —πέρα από εξαιρέσεις, όπως σε μερικά πανεπιστήμια της κεντρικής Ευρώπης— τη θέση τους ως μεθοδολογικών προϋποθέσεων παραχώρησαν στις Προτάσεις (Sententiae) του Πέτρου Λομβαρδού.
Ο σχολιασμός του στο Περί Ερμηνείας επηρέασε τη μεσαιωνική θεωρία της λογικής περισσότερο από το ίδιο το έργο του Αριστοτέλη. Στα κείμενα του Βοήθιου έχουν την αρχή τους συζητήσεις όπως εκείνη μεταξύ νομιναλιστών και ρεαλιστών, οι οποίες στη συνέχεια αναπτύσσονται ανεξάρτητα, αλλά και συζητήσεις στις οποίες ο Βοήθιος ασκεί συνεχώς επιρροή έως τον ύστερο μεσαίωνα, όπως στην προτασιακή λογική.
Στον βυζαντινό πνευματικό κόσμο η επίδραση του Βοηθίου δεν είναι αμελητέα, κατά τον 13ο και 14ο αιώνα, όταν μεταφράστηκαν το Περὶ τόπων διαλεκτικῶν (Μάξιμος Ολόβωλος με σχόλια περ.1267, Πρόχορος Κυδώνης 1360-67), η Παραμυθία τῆς Φιλοσοφίας (Μάξιμος Πλανούδης, περ.1295) και το Περὶ Ἁγίας Τριάδος (Μανουήλ Καλέκας, τέλ.14ου αι.).
Ο Βοήθιος αποκλήθηκε πρώτος σχολαστικός, για την αριστοτελική πλευρά της σκέψης του και την αυστηρή επιχειρηματολογία που χαρακτηρίζει τις θεολογικές πραγματείες. Η επίδρασή του στη μεσαιωνική φιλοσοφία είναι θεμελιώδης, ισχυρή και συνεχής. Ερμηνεύει το πρόσωπο αριστοτελικά, ως ατομική ουσία, η οποία όμως έχει απολύτως μοναδική αξία κατά τη θεία προέλευσή της, ώστε δεν είναι δυνατό να νοηθεί ως ρόλος η μάσκα. Αυθεντική ύπαρξη του ανθρώπου είναι η συνύπαρξή του με τον Θεό, όπου δεν βρίσκεται μόνο το επιθυμητό τέλος, αλλά ήδη πρωταρχική αυθεντική κατάσταση, χάρη στην οποία η ψυχή γνωρίζει τα πάντα. Με την ενσάρκωσή της η ψυχή βυθίζεται στη λήθη, απ’ όπου φαίνεται η αξία της αληθινής παιδείας, την οποία ο Βοήθιος καταλάβαινε σε συμφωνία με τον Πλάτωνα κατά κύριο λόγο ως επιστροφή στη συνείδηση της θείας φύσης και αρχής.
