Ο Εριγένης άρχισε να μελετάται με ένταση τον 12ο αιώνα, αλλά σχεδόν αμέσως καταδικάστηκε για πανθεϊσμό —το 1225 από τον πάπα Ονόριο ΙΙΙ, έπειτα πάλι το 1585 από τον πάπα Γρηγόριο ΧΙΙΙ, ενώ το 1681, όταν ανακαλύφθηκε χειρόγραφο της Περί Φύσεων πραγματείας στην Οξφόρδη, εισήχθη αμέσως στον παπικό κατάλογο Απαγορευμένων Βιβλίων. Τον γνωρίζουν και τον αξιοποιούν ο Μάιστερ Έκκαρτ και ο Νικόλαος Κουζανός.
Συνέγραψε επίσης Υπόμνημα στο Κατά Ιωάννην, μια ομιλία για τον πρόλογο του ίδιου Ευαγγελίου, ποιήματα, που συχνά έχουν αφορμή στην επικαιρότητα, μερικά γραμμένα πρωτοτύπως στα Ελληνικά.
2. Οι φιλοσοφικές ιδέες
Ήδη εν ζωή ο Εριγένης κατηγορήθηκε με αφορμή την πραγματεία του Περί Θείου Προορισμού (De Divina Praedestinatione) για την πελαγιανική, όπως έμοιαζε στους λογοκριτές, έμφαση που έδινε στην ανθρώπινη ελευθερία παρά στις συνέπειες της πτώσης. Κεντρικό επιχείρημά του είναι πως ο άνθρωπος δημιουργήθηκε έλλογος: ανελεύθερο συλλογίζεσθαι συνιστά αντίφαση εν τοις όροις. Ακόμη πιο σημαντικό στο επιχείρημα του Εριγένη είναι το πρόταγμα του συλλογισμού έναντι της αυθεντίας της παράδοσης, πρόταγμα συνειδητό, το οποίο ανανεώνει και ρητά στο έργο του Περί Φύσεων.
