Συνέγραψε επίσης Υπόμνημα στο Κατά Ιωάννην, μια ομιλία για τον πρόλογο του ίδιου Ευαγγελίου, ποιήματα, που συχνά έχουν αφορμή στην επικαιρότητα, μερικά γραμμένα πρωτοτύπως στα Ελληνικά.

2. Οι φιλοσοφικές ιδέες

Ήδη εν ζωή ο Εριγένης κατηγορήθηκε με αφορμή την πραγματεία του Περί Θείου Προορισμού (De Divina Praedestinatione) για την πελαγιανική, όπως έμοιαζε στους λογοκριτές, έμφαση που έδινε στην ανθρώπινη ελευθερία παρά στις συνέπειες της πτώσης. Κεντρικό επιχείρημά του είναι πως ο άνθρωπος δημιουργήθηκε έλλογος: ανελεύθερο συλλογίζεσθαι συνιστά αντίφαση εν τοις όροις. Ακόμη πιο σημαντικό στο επιχείρημα του Εριγένη είναι το πρόταγμα του συλλογισμού έναντι της αυθεντίας της παράδοσης, πρόταγμα συνειδητό, το οποίο ανανεώνει και ρητά στο έργο του Περί Φύσεων.