Υπομνημάτισε το Περί ουρανίας ιεραρχίας του Διονυσίου, μετέφρασε το Περί κατασκευής του ανθρώπου (στη Δύση γνωστό υπό τον τίτλο Περί [του ανθρώπου ως θείας] Εικόνας) του Γρηγορίου Νύσσης, μετέφρασε τα Προς Θαλάσσιον απορούμενα του Μαξίμου, μετέφρασε και σχολίασε τα Προς Ιωάννην απορούμενα, επίσης του Μαξίμου —«συγγραφείς τους οποίους», παρατηρεί ο Μόραν, «είναι θλιβερό να αναλογίζεται κανείς πόσο λίγο τους γνωρίζουν ακόμη και οι σημερινοί φιλόσοφοι…» (Moran, σελ. xii.)

Ο Εριγένης άρχισε να μελετάται με ένταση τον 12ο αιώνα, αλλά σχεδόν αμέσως καταδικάστηκε για πανθεϊσμό —το 1225 από τον πάπα Ονόριο ΙΙΙ, έπειτα πάλι το 1585 από τον πάπα Γρηγόριο ΧΙΙΙ, ενώ το 1681, όταν ανακαλύφθηκε χειρόγραφο της Περί Φύσεων πραγματείας στην Οξφόρδη, εισήχθη αμέσως στον παπικό κατάλογο Απαγορευμένων Βιβλίων. Τον γνωρίζουν και τον αξιοποιούν ο Μάιστερ Έκκαρτ και ο Νικόλαος Κουζανός.