Στο πιο σημαντικό έργο του, τη διαλογικής μορφής πραγματεία Περί Φύσεων (ή Περί Φύσεως Μερισμού, όπως την είχε ονομάσει αρχικά), η οποία προϋποθέτει τη μετάφραση των αρεοπαγιτικών συγγραφών, ο Εριγένης εισηγείται ιδιαίτερη κοσμολογία εμπνευσμένη από τον Γρηγόριο Νύσσης, τον Μάξιμο, τον *Διονύσιο, αλλά και τον *Ωριγένη, αναδεικνύοντας τη θεμελιώδη ενότητα του παντός.

Ο Εριγένης διαχωρίζει σε τέσσερα είδη το σύνολο της φύσης / πραγματικότητας, με κριτήριο την αιτιώδη αναφορά των διάφορων περιοχών της, 1) στον Θεό, που δημιουργεί και είναι άκτιστος, 2) στις Ιδέες, που δημιουργούν και δημιουργούνται, 3) στα πλάσματα, που δημιουργούνται ενώ τα ίδια δεν δημιουργούν, 4) στο μηδέν, που δεν δημιουργείται και δεν δημιουργεί.