Ο Εριγένης άρχισε να μελετάται με ένταση τον 12ο αιώνα, αλλά σχεδόν αμέσως καταδικάστηκε για πανθεϊσμό —το 1225 από τον πάπα Ονόριο ΙΙΙ, έπειτα πάλι το 1585 από τον πάπα Γρηγόριο ΧΙΙΙ, ενώ το 1681, όταν ανακαλύφθηκε χειρόγραφο της Περί Φύσεων πραγματείας στην Οξφόρδη, εισήχθη αμέσως στον παπικό κατάλογο Απαγορευμένων Βιβλίων. Τον γνωρίζουν και τον αξιοποιούν ο Μάιστερ Έκκαρτ και ο Νικόλαος Κουζανός.
Συνέγραψε επίσης Υπόμνημα στο Κατά Ιωάννην, μια ομιλία για τον πρόλογο του ίδιου Ευαγγελίου, ποιήματα, που συχνά έχουν αφορμή στην επικαιρότητα, μερικά γραμμένα πρωτοτύπως στα Ελληνικά.
2. Οι φιλοσοφικές ιδέες
Ήδη εν ζωή ο Εριγένης κατηγορήθηκε με αφορμή την πραγματεία του Περί Θείου Προορισμού (De Divina Praedestinatione) για την πελαγιανική, όπως έμοιαζε στους λογοκριτές, έμφαση που έδινε στην ανθρώπινη ελευθερία παρά στις συνέπειες της πτώσης. Κεντρικό επιχείρημά του είναι πως ο άνθρωπος δημιουργήθηκε έλλογος: ανελεύθερο συλλογίζεσθαι συνιστά αντίφαση εν τοις όροις. Ακόμη πιο σημαντικό στο επιχείρημα του Εριγένη είναι το πρόταγμα του συλλογισμού έναντι της αυθεντίας της παράδοσης, πρόταγμα συνειδητό, το οποίο ανανεώνει και ρητά στο έργο του Περί Φύσεων.
Στο πιο σημαντικό έργο του, τη διαλογικής μορφής πραγματεία Περί Φύσεων (ή Περί Φύσεως Μερισμού, όπως την είχε ονομάσει αρχικά), η οποία προϋποθέτει τη μετάφραση των αρεοπαγιτικών συγγραφών, ο Εριγένης εισηγείται ιδιαίτερη κοσμολογία εμπνευσμένη από τον Γρηγόριο Νύσσης, τον Μάξιμο, τον *Διονύσιο, αλλά και τον *Ωριγένη, αναδεικνύοντας τη θεμελιώδη ενότητα του παντός.
Ο Εριγένης διαχωρίζει σε τέσσερα είδη το σύνολο της φύσης / πραγματικότητας, με κριτήριο την αιτιώδη αναφορά των διάφορων περιοχών της, 1) στον Θεό, που δημιουργεί και είναι άκτιστος, 2) στις Ιδέες, που δημιουργούν και δημιουργούνται, 3) στα πλάσματα, που δημιουργούνται ενώ τα ίδια δεν δημιουργούν, 4) στο μηδέν, που δεν δημιουργείται και δεν δημιουργεί.
Η θεώρηση αυτή του παντός υπό τον όρο της ‘φύσης’ μοιάζει να εισαγάγει πανθεϊστικό μονισμό, τον οποίο όμως υπονομεύει η ‘σκιώδης’ έννοια του Είναι, όταν αυτό που εμφανίζεται υπό ορισμένους όρους ως Είναι, υπό άλλους όρους γίνεται αντιληπτό καθαρά ως μηδέν. Σε σύγκριση με το θείο Είναι, το Είναι των πλασμάτων είναι μηδενικό. Σε σύγκριση με την ακινησία του απλού Είναι, το γίγνεσθαι φέρει τα όντα στο μηδέν, όπως το έλεγε ο Πλάτων. Σε σύγκριση με τις ενεργείᾳ υποστάσεις, η δυνητική ύπαρξη νοείται μηδενική. Σε σύγκριση με τον θεούμενο άνθρωπο, ο φυλακισμένος στην αμαρτία στερείται του Είναι.
