Δεν αμφισβητείται σήμερα ότι ο Εριγένης δεν είχε άμεση επαφή με νεοπλατωνικές πηγές, αλλά μέσα κυρίως από τους Έλληνες Πατέρες οικειοποιήθηκε όσα νεοπλατωνικά στοιχεία διακρίνονται στο έργο του και διαμόρφωσε τις πιο σημαντικές εμπνεύσεις του. Μελέτησε επίσης τον Αυγουστίνο, τον Αμβρόσιο και τον Βοήθιο. Ο Εριγένης δεν μεταφέρει ιδέες από το Βυζάντιο στη Δύση, αλλά σκέφτεται με πρωτοτυπία που μεταμορφώνει τις αφορμές, ακόμη και ανασύροντας από τα έργα που σπουδάζει διαστάσεις προηγουμένως απαρατήρητες μέσα στον ίδιο τον χώρο της προέλευσής τους.
Υπομνημάτισε το Περί ουρανίας ιεραρχίας του Διονυσίου, μετέφρασε το Περί κατασκευής του ανθρώπου (στη Δύση γνωστό υπό τον τίτλο Περί [του ανθρώπου ως θείας] Εικόνας) του Γρηγορίου Νύσσης, μετέφρασε τα Προς Θαλάσσιον απορούμενα του Μαξίμου, μετέφρασε και σχολίασε τα Προς Ιωάννην απορούμενα, επίσης του Μαξίμου —«συγγραφείς τους οποίους», παρατηρεί ο Μόραν, «είναι θλιβερό να αναλογίζεται κανείς πόσο λίγο τους γνωρίζουν ακόμη και οι σημερινοί φιλόσοφοι…» (Moran, σελ. xii.)
Ο Εριγένης άρχισε να μελετάται με ένταση τον 12ο αιώνα, αλλά σχεδόν αμέσως καταδικάστηκε για πανθεϊσμό —το 1225 από τον πάπα Ονόριο ΙΙΙ, έπειτα πάλι το 1585 από τον πάπα Γρηγόριο ΧΙΙΙ, ενώ το 1681, όταν ανακαλύφθηκε χειρόγραφο της Περί Φύσεων πραγματείας στην Οξφόρδη, εισήχθη αμέσως στον παπικό κατάλογο Απαγορευμένων Βιβλίων. Τον γνωρίζουν και τον αξιοποιούν ο Μάιστερ Έκκαρτ και ο Νικόλαος Κουζανός.
